En 1999 la UNAM vivió uno de los años más complejos de su historia. En enero de 1997 fue nombrado rector Francisco Barnés de Castro, previamente director de la Facultad de Química y secretario general de la Universidad. Antes de su designación Barnés fungía como director general del Instituto Mexicano del Petróleo. Durante su rectorado tuvo lugar uno de los conflictos universitarios más intensos y prolongados de los que se tenga registro en México. La huelga estudiantil, en rechazo a la modificación del reglamento general de pagos de la UNAM, duró casi un año: estalló el 22 de abril de 1999 y fue rota mediante la irrupción de la Policía Federal Preventiva en las instalaciones universitarias al amanecer del domingo 6 de febrero del año 2000.

En el periodo de huelga las autoridades y otros grupos de respaldo a la institucionalidad universitaria intentaron diversas medidas para resolver el conflicto. En primera instancia, la suspensión de la reforma que lo generó, posteriormente la convocatoria a negociar las demandas adicionales que había planteado el movimiento en su desarrollo. Pero nada parecía funcionar. En el segundo semestre del año del conflicto, el Consejo General de Huelga (CGH) sumaba a sus exigencias originales la celebración de un congreso universitario resolutivo y la renuncia del rector.

Así, a mediados de octubre de 1999, parecían agotadas las opciones de una solución política negociada. La representación estudiantil había sido copada por su fracción más intransigente, los estudiantes y académicos permanecían dispersos, sin una fuerza capaz de aglutinarlos para contrapesar la actitud del grupo en poder de las instalaciones, y el presidente, Ernesto Zedillo Ponce de León, hacía evidente su falta de voluntad y capacidad política al encuentro de una solución pacífica. El rector Francisco Barnés se encontraba, a la vez, rebasado y aislado. Era inminente su renuncia, la que presentó el 13 de noviembre, precedida de un ultimátum del CGH para reabrir la discusión del pliego petitorio en su totalidad.

La renuncia de Barnés, en la escena del conflicto, planteaba a la Junta de Gobierno (JG) de la Universidad, encargada de la selección de candidatos y la designación de rector, un doble desafío: la necesidad de acelerar el proceso de consulta para evitar cualquier vacío de poder, y una lectura correcta de la coyuntura para elegir un candidato en condiciones de resolver el conflicto. En la JG de ese momento estaba integrada por: Adolfo Martínez Palomo, Ignacio Carrillo Prieto, Arcadio Poveda Ricalde, Javier Padilla Olivares, Alfredo Adam y Adam, Donato Alarcón Segovia, Sergio García Ramírez, María Esther Ortiz Salazar, Gustavo Adolfo Chapela Castañares, Javier Jiménez Espriu, Julio Labastida Martín del Campo, Juliana González Valenzuela, Luis Ortiz Macedo, Álvaro Matute Aguirre, y Héctor Fernández Varela, quien en ese momento la presidía.

El sábado 13 de noviembre, luego de recibir y aceptar la renuncia del rector Barnés de Castro, la JG se instaló en sesión permanente y emitió la convocatoria para recibir candidaturas y expresiones de la comunidad universitaria al respecto. Al día siguiente el diario La Jornada consignaba: “Los nombres de los universitarios distinguidos que se mencionaban en la Junta de Gobierno para ocupar el cargo vacante eran, hasta el sábado por la noche, Diego Valadés, Francisco Bolívar Zapata, Jaime Martuscelli, José Narro Robles, Juan Ramón de la Fuente, Miguel José Yacamán, René Drucker Colín, Salvador Malo y Xavier Cortés Rocha.” (Nota de Roberto Garduño). De ese grupo, De la Fuente, Narro, Yacamán y Martuscelli habían fungido como candidatos a la rectoría dos años atrás. La nota advertía, adicionalmente, que “no obstante que suena insistentemente como candidato, el secretario de Salud, Juan Ramón de la Fuente, se autodescartó para ocupar ese cargo hace tres meses.”

Tras las prolongadas sesiones de trabajo de la JG el 15 y 16 de noviembre, el presidente del órgano colegiado declaró a la prensa haber recibido cerca de un millar de expresiones, en que predominaban, al menos, 60 posibles candidaturas. No obstante, el 17 de noviembre la Junta recibió, para la entrevista final, a Juan Ramón de la Fuente, Francisco Bolívar Zapata, Salvador Malo Álvarez y a Diego Valadés. Dos candidatos, que habían contado con amplio respaldo en el proceso, decidieron declinar: Manuel Peimbert del Instituto de Astronomía, y José Narro Robles, subsecretario de Salud.

El 18 de noviembre se dio a conocer el nombre de Juan Ramón de la Fuente como nuevo rector universitario. La noche anterior, como se acostumbra, los integrantes de la JG comunicaron al candidato triunfador y también a los perdedores el resultado de la deliberación. El viernes 19 de noviembre el rector electo tomó posesión en reunión extraordinaria del Consejo Universitario.