La Universidad Nacional fue declarada autónoma por ley del Congreso de la Unión en 1929 y en 1933. No fue la primera universidad pública del país en conseguir esa prerrogativa, la precedieron las universidades de Sinaloa (1917) y Michoacán (1918) en que circunstancias de los contextos políticos locales impidieron la estabilidad temporal del régimen autonómico. El otro antecedente importante corresponde a la Universidad de San Luis Potosí, establecida en 1923 por el congreso estatal como institución autónoma al transformar el anterior Colegio Científico y Literario del estado en universidad.

La norma correspondiente, es decir el Decreto 106 de la XXVII Legislatura del Estado de San Luis Potosí, fijó la obligación de rendición de cuentas en los siguientes términos: “El manejo de los bienes de la Universidad estará sujeto a la revisión de la Contaduría de Glosa, para el efecto de que ésta pueda informar al Congreso de la inversión de fondos. En caso de alegarse responsabilidad, corresponde a la Asamblea General tomar las medidas que estime oportunas en cuanto a su régimen interior.” (Artículo 11 del Decreto). Esta, la Contaduría de Glosa, reemplazó a la Contaduría General del Estado al decretarse una nueva constitución política del estado en armonía con el texto constitucional federal aprobado en 1917 por el Congreso Constituyente.

En ese entonces y hasta el periodo presidencial de Lázaro Cárdenas las universidades públicas de los estados eran exclusivamente subsidiadas con fondos de las haciendas locales, así como a través de donativos particulares y mediante el cobro de colegiaturas. No existía aun el subsidio federal que hoy conocemos, por ello el ejercicio de auditoría y revisión del ejercicio de gasto correspondía la comisión de glosa local, órgano del legislativo estatal.

Vendría después la primera autonomía de la Universidad Nacional, la de 1929. Esta ocurrió en respuesta a una huelga y movilización estudiantil que comenzaba a irradiar hacia otros centros de enseñanza del país y a involucrar a grupos sociales más amplios en la capital de la República. La iniciativa fue suscrita por el presidente Emilio Portes Gil y buscó conjugar varios aspectos: el crecimiento de la Universidad mediante la adscripción a ella de escuelas profesionales e institutos de investigación que operaban de manera aislada; conceder autonomía en los aspectos de régimen académico y administrativo; abrir cauce a nuevas formas de organización de profesores y estudiantes. Los límites que el ejecutivo colocó a las atribuciones de la autonomía se relacionaban con el nombramiento de rector y con las obligaciones de fiscalización y rendición de cuentas del subsidio otorgado.

En la ley orgánica de 1929 de la Universidad se indicaba que el nombramiento de rector procedería mediante la designación de una terna a cargo del ejecutivo de la cual el Consejo Universitario podría elegir al que considerara idóneo para el cargo. A las obligaciones de rendición de cuentas dedica esa ley un capítulo completo, el sexto titulado “De la inversión y vigilancia de los fondos de la Universidad.” Consta este capítulo de diez artículos y establece un mecanismo de supervisión interna (la auditoría universitaria) y otro externo, a cargo de la Contraloría de la Federación.

El artículo 52 de la ley universitaria de 1929 señala que dicha Contraloría “vigilará” el manejo de los fondos otorgados por el ejecutivo federal. Se aclara en el mismo artículo que tal vigilancia se limitará “a la comprobación de que los gastos se hagan conforme a los presupuestos, su reglamento y disposiciones que dicte el Consejo Universitario. El Ejecutivo podrá pedir en cualquier tiempo todos los informes que necesite sobre el estado económico de la Universidad.”

A esta disposición se añade que “la cuenta que anualmente debe rendir la Universidad no formará parte de la contabilidad general de la Hacienda Pública; pero el sistema y procedimientos de contabilidad que deben aplicarse en la ejecución de los presupuestos de la Universidad, serán sometidos a la aprobación de la Contraloría, así como las modificaciones que en lo sucesivo se introduzcan.” (Artículo 53). Además, que “los ordenadores y manejadores de fondos quedarán sujetos a las sanciones que establece la Ley Orgánica de la Contraloría y su reglamento, cuando se trate de erogaciones que graven el subsidio de la federación, y a las responsabilidades que la Ley Penal establece, en todos los demás casos.” (Artículo 54).

La autonomía de 1933 respondió a otras causas. La principal, la resistencia de la Universidad Nacional a asumir una postura ideológica afín al régimen gubernamental. La presidencia de Abelardo Rodríguez tomó la decisión de separar a la institución universitaria de la órbita del Estado, otorgar un subsidio finiquito y conceder plenas facultades de autonomía. De este modo, la ley orgánica promulgada en octubre de 1933 consta de solo nueve artículos, ninguno de los cuales establece obligaciones de rendición de cuentas y atribuciones de auditoría por parte del Estado. El subsidio público se restableció gradualmente al promediar el sexenio de Lázaro Cárdenas, pero la ley seguiría vigente hasta el fin del año de 1944. De la ley orgánica promulgada en 1945 nos ocuparemos en el siguiente capítulo.