La Escuela Nacional de Altos Estudios (ENAE) se instituyó por decreto presidencial el 7 de abril de 1910 y se inauguró el 18 de septiembre del mismo año, en el marco de las celebraciones del primer centenario de la Independencia. La Ley Constitutiva de la institución fijó tres propósitos generales: perfeccionar los estudios superiores, proporcionar los medios de llevar a cabo investigaciones científicas y formar profesores de las escuelas secundarias y profesionales.
Altos Estudios se organizó en tres secciones: humanidades; ciencias exactas, físicas y naturales, y ciencias sociales, políticas y jurídicas, y se nombró como primer director al conocido positivista Porfirio Parra, médico de profesión. Al establecerse la Universidad Nacional (inaugurada el 22 de septiembre de 1910), se integró en ella a la ENAE, junto con las escuelas nacionales Preparatoria, de Ingenieros, de Jurisprudencia, de Medicina y la sección de arquitectura de la Escuela Nacional de Bellas Artes.
A diferencia del resto de las instituciones que integraron la universidad, la ENAE no contaba previamente con instalaciones propias, profesorado, alumnos ni con planes de estudios o programa de investigación. En tal virtud, la Ley Constitutiva sentaba la posibilidad de iniciar las actividades sin “necesidad de cubrir los cuadros de enseñanzas de todas las secciones, sino establecer solamente aquellas para las que se haya designado o contratado el personal competente”.
De hecho, Altos Estudios inició actividades con sólo tres profesores: Franz Boas, antropólogo estadunidense procedente de la Universidad de Columbia, James Mark Baldwin, psicólogo y profesor de la Universidad John Hopkins, y Carlos Reiche, germano-chileno que fue contratado para impartir un curso de botánica. Por lo menos los dos primeros eran académicos de reputación mundial, lo cual es indicativo de la preocupación de Sierra, Chávez y Parra de asegurar buena calidad académica a la nueva institución, aunque también muestra las dificultades con que topó el proyecto desde sus inicios.
Durante 1911 y 1912 los profesores contratados impartieron cátedra. El número original de inscritos en cada curso fue de un centenar en las clases de Baldwin y Boas y de 35 en la de Reiche. No obstante, como se constata en el primer informe de labores del rector Eguía Lis, muy pocos concluyeron los cursos.
Por otra parte, la norma preveía que “los institutos que dependen del gobierno federal, los laboratorios y estaciones que se establezcan en el Distrito Federal u otras partes del territorio mexicano, formarán parte de la Escuela Nacional de Altos Estudios, en cuanto sea indispensable para realizar los fines de la misma, y se mantendrán en el resto de sus funciones en la dependencia reglamentaria de los ministerios que los organicen y sostengan”.
Así, al poco tiempo, en noviembre de 1910, el secretario Sierra estableció un acuerdo que integraba otras dependencias académicas a la estructura de la Escuela. En dicho convenio se establecía la integración, a la Sección de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales de la ENAE, de los institutos Médico Patológico y Bacteriológico Nacionales, y el Museo Nacional de Historia Natural. Se declaraba, igualmente, que el Museo Nacional de Arqueología, Historia y Etnología y la Inspección General de Monumentos Arqueológicos formarían parte de Altos Estudios en la sección de Ciencias Sociales, Políticas y Jurídicas.
En resumen, en su diseño original Altos Estudios se presentaba como una institución universitaria de posgrado e investigación, loables fines que, por las circunstancias históricas del país en el periodo, no lograría desarrollar.
El 24 de marzo de 1911 presentó Justo Sierra su renuncia formal al cargo de secretario de Instrucción Pública y Bellas Artes. Fue sucedido por Jorge Vera Estañol, quien permaneció en el despacho por corto tiempo al ser sustituido por el ministro Vázquez Gómez, último secretario del ramo en el porfiriato.
Vázquez Gómez solicitó al rector Eguía Lis que se reformasen los planes de estudio de la universidad, entre ellos el correspondiente a la ENAE. El Consejo Universitario designó a tal efecto una comisión formada por Porfirio Parra (director de la escuela) y los señores Fernando Zárraga, Luis Salazar y Néstor Rubio Alpuche. El dictamen de la comisión, emitido en octubre de 1911, propone para cada sección de la ENAE los cursos que deben ser considerados como necesarios y aquellos que deben quedan en condición de “útiles”. Esta reforma estaba orientada a proporcionar una formación complementaria a las principales profesiones liberales (medicina, derecho, ingeniería), más que a inducir vocaciones hacia la investigación.
El plan de 1911-1912 apenas tuvo tiempo de ser promulgado. El presidente Madero designó a Alfonso Pruneda como director de la ENAE, quien nombró a Alfonso Reyes secretario de la misma; movimientos que marcarían un cambio de orientación radical en la enseñanza de la escuela. En primer lugar, se sustituyeron las cátedras de especialización por cursos y conferencias “libres”, y con el nuevo esquema se congregó en torno de la ENAE el grupo de intelectuales del Ateneo de la Juventud.
Durante los años veinte, la ENAE tuvo varias reformas, principalmente para abrir lugar a los estudios en el área de humanidades y para fungir como una institución de formación de profesores. Como tal, la ENAE cesó de funcionar en la década de los treinta, no sin antes dar lugar a la actual Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM y a la extinta Escuela Normal Universitaria.
